Conduite à tenir vis-à-vis d’un variant à suivre (dérivé du clade 20c) détecté pour la première fois en Bretagne

Une surveillance renforcée des cas d’infection à SARS-CoV-2 liés au variant 20C/H655Y (lignage PANGO B.1.616) a été mise en place suite à l’identification d’un regroupement de cas liés à ce variant au centre hospitalier de Lannion (Côtesd’Armor, Bretagne) entre les mois de janvier et mars 2021. Pour rappel, la particularité associée aux cas confirmés d’infections au variant 20C/H655Y est la possibilité de présenter des symptômes évocateurs de la COVID-19 avec une RTPCR faiblement positive voire négative sur les prélèvements naso-pharyngés habituels (le virus est néanmoins bien détectable par RT-PCR mais semble être retrouvé préférentiellement dans les voies aériennes basses). Les définitions de cas possibles, probables et confirmés et les conduites à tenir (CAT) ont été précisées par messages MINSANTE n°42, MARS n°21 et DGS-Urgent n°32. Ces définitions et CAT restent en vigueur pour les départements où les premiers cas ont été détectés, et où la majorité des cas sont actuellement signalés, à savoir le Finistère et les Côtes d’Armor. 

Des cas confirmés ont été identifiés dans d’autres régions du territoire national mais à ce jour, tous sont directement ou indirectement rattachés à Lannion. Toutefois, en l’absence de données concernant une éventuelle transmissibilité accruede ce virus et/ou une plus grande fréquence des formes sévères, ce variant est à ce stade classé comme variant à suivre (« VOI – variant of interest – variant à suivre » selon la dénomination de l’OMS) et il est nécessaire de mettre en place une surveillance nationale des infections par le SARS-COV-2 liées au variant 20C/H655Y pour connaitre les caractéristiques des cas et suivre la diffusion du variant sur le territoire en dehors de la zone de surveillance renforcée où sont apparus les premiers cas.

A cet effet Santé publique France a élaboré un protocole de signalement et d’investigation des cas évocateurs d’infection à SARS-CoV-2 liée au variant 20C/H655Y en dehors du Finistère et des Cotes d’Armor, que vous trouverez en annexe (ce protocole national est complémentaire au protocole local élaboré pour investiguer spécifiquement les cas identifiés dans la zone de surveillance renforcée au sein de ces départements et rattachés à la zone de Lannion).

1/ Détection et signalement des cas évocateurs d’infection par le variant 20C/H655Y en dehors du Finistère et des Cotesd’Armor

Les professionnels de santé doivent signaler au point focal de l’ARS tous les cas évocateurs d’infection par le variant 20C/H655Y, définis par les cas répondant à un critère clinique ET biologique ET épidémiologique (les 3 critères doivent être présents) :

Critère clinique

- Toute personne présentant des symptômes d’infection respiratoire aiguë avec des signes visibles en tomo-densitométrie thoracique évocateurs de COVID-19

OU

- Toute personne présentant une anosmie et/ou une agueusie d’apparition brutale, sans rhinite associée

Critère biologique

RT-PCR négative sur des prélèvements naso-pharyngés (quels que soient les résultats d’une RT-PCR sur prélèvements profonds), en l’absence de diagnostic alternatif plus probable

Critère épidémiologique 

- Un lien épidémiologique avec la zone géographique concernée par l’émergence du variant 20C/H655Y (lien direct - séjour dans la zone, ou lien indirect - ex : contact à risque hors de la zone avec une personne résidant habituellement ou qui a séjourné récemment dans la zone) qui inclut une partie des départements de Côtes-d’Armor et du Finistère (communautés d’agglomération de Lannion, Morlaix, Guingamp, Saint Brieuc)

OU

- Un contact à risque avec un cas probable ou confirmé d’infection par le variant 20C/H655Y (Un contact à risque est défini dans la définition de cas d’infection au SARS-CoV-2 (COVID-19) disponible sur le site de Santé publique France).

Ce signalement se fera par le biais du questionnaire de signalement des cas évocateurs d’infection au variant 20C/H655Y2 joint au guide de SpF.

NB : Ce signalement direct par les professionnels de santé aux ARS des cas évocateurs d’infection au variant 20C/H655Y complète le circuit de signalement dans Contact-Covid décrit dans les messages MINSANTE n°2021-42, MARS n°2021-21 et DGS-Urgent n°2021-32 mais ne s’y substitue pas. La saisie des cas dans Contact COVID étant nécessaire à la réalisation sans délai du contact tracing autour de ces cas. 

2/ Investigation des cas évocateurs d’infection par le variant 20C/H655Y en dehors du Finistère et des Cotes d’Armor

Une investigation devra être réalisée par les équipes régionales (ARS et Cellules régionales SpF) pour tous les cas signalés par les professionnels de santé et répondant aux critères de signalement, par le biais d’un questionnaire d’investigation qui nécessitera de recontacter le patient et/ou le professionnel de santé déclarant (joint au guide SpF).

Pour tous les cas évocateurs d’infection par le variant 20C/H655Y, les prélèvements devront être envoyés à l’une des 4 plateformes selon la cartographie EMER-GEN pour la réalisation du séquençage du génome entier . Les prélèvements devront être adressés aux plateformes en mentionnant spécifiquement « Suspicion 20C/H655Y » sur l’étiquette et la fiche accompagnant le prélèvement, pour assurer leur identification et la priorisation de leur traitement.

Pour les cas évocateurs qui n’auraient que des résultats de RT-PCR négatifs sur prélèvements rhinopharyngés, il est demandé de faire d’autres types de prélèvements, notamment profonds (cf. MINSANTE n°2021-42, annexes 2 et 3 : stratégie diagnostique concernant un nouveau variant du clade 20C détecté en Bretagne).

Les cas seront classés à l’issue des résultats biologiques en tant que :

- Cas probable du variant 20C/H655Y :

Résultats de séquençage partiel montrant une infection par un variant du clade 20C, sans que le résultat ne permette de conclure à une infection spécifiquement par le variant 20C/H655Y

OU

Résultat par séquençage SANGER montrant l’infection par un variant du clade 20C ET au minimum les 4 mutations retrouvées chez le variant 20C/H655Y suivantes : H66D, del144, V483A et H655Y

OU

Absence de séquençage ou de résultat de séquençage concluant sous réserve d’un lien de transmission établi avec un cas confirmé de variant 20C/H655Y 

- Cas confirmé du variant 20C/H655Y : séquençage complet du génome confirmant l’infection par le variant 20C/H655Y

Les données recueillies pour chaque cas probable ou confirmé seront à terme saisies par les cellules régionales de SpF, en lien avec les ARS, dans une application Voozanoo qui est spécifiquement en cours de développement pour cette investigation.

NB : La surveillance nationale sera adaptée en tenant compte de l’évolution de la situation et des connaissances sur le variant. Au stade actuel caractérisé par l’émergence et la diffusion du variant 20C/H655Y dans un périmètre géographique limité, il est justifié de réaliser une investigation approfondie de chaque cas lié au variant 20C/H655Y.

MESSAGE INITIAL DGS-URGENT n°2021-32 du 15/03/2021

> Annexe 1 : Protocole national d’investigation des infections à SARS-COV-2 liées au variant 20C/H655Y survenant hors zone de surveillance renforcée dans le Finistère et les Côtes d’Armor1 30/03/2021

> Annexe 2 : Questionnaire de signalement 

> Annexe 3 : Questionnaire d’investigation des cas évocateurs d’infection au variant 20C/H655Y

Source : reply DGS-URGENT N°2021_32