Détection des variants de la Covid-19 : importance du criblage des tests RT-PCR positifs

Après tout résultat de test RT-PCR positif, il est demandé aux laboratoires de biologie médicale d'obtenir le résultat du criblage dans les 36 heures. En déterminant ainsi rapidement l’origine du variant, c’est toute la stratégie "Tester-Isoler-Protéger" qui peut se mettre en place. 

En pratique pour les biologistes médicaux

• Dès l’identification d’un patient positif après la réalisation du test RT-PCR, le laboratoire prévient le patient concerné au plus vite, avant même la réalisation du criblage ; il saisit le résultat dans SI-DEP, afin de déclencher le plus rapidement possible le tracing.

• 100% des tests RT-PCR positifs doivent être envoyés sans délai pour criblage à l’une des plateformes nationales adaptées (Eurofins, Cerba ou autres plateformes qui peuvent être indiquées par l’ARS). A savoir que seuls les échantillons positifs avec un CT< 33 peuvent être adressés.

• Le résultat du criblage, obtenu dans les 36 heures, devra également être inscrit dans SI-DEP, par Eurofins et Cerba ou par le laboratoire de première intention si le criblage n’a pas été réalisé par une de ces deux plateformes.

• Si le criblage met en évidence que le patient est porteur d'une variante d'intérêt du SARS-CoV2 (dites "britannique", "sud-africaine" ou "brésilienne"), le laboratoire a la responsabilité de reprendre contact avec ce patient pour lui indiquer de quelle variante il s'agit. Cette information sera ensuite confirmée par l’Assurance Maladie en charge du contact tracing.

Remontées de terrain demandées par le Ministère des solidarités et de la santé

Afin de mieux cerner les besoins et d’optimiser l’activité de criblage actuelle, le Ministère des solidarités et de la santé demande aux laboratoires de biologie médicale de répondre aux questions suivantes et de transmettre les réponses à ccs-pole-expertise-sante-publique@sante.gouv.fr  dans les plus brefs délais :

• Réalisez-vous le criblage des tests PCR positifs en direct ou envoyez-vous les prélèvements sur une plateforme externe pour la réalisation de ce criblage ? En cas d’externalisation, quelle plateforme utilisez-vous ?

• Le criblage réalisé cible-t-il uniquement le variant VOC 202012/01 ou permet-il de faire la distinction entre les variants dit britannique d’un côté et sud-africain/brésilien de l’autre ?

• Confirmez-vous le criblage de 100% des tests PCR ayant donné lieu à un résultat positif ? Si non, sous combien de jours estimez-vous possible d’atteindre cet objectif ?

• Connaissez-vous des difficultés SI dans la remontée des données de criblage ? Si oui, pouvez-vous nous décrire lesquelles ?

• Connaissez-vous des difficultés SI dans la remontée des données de criblage ? Si oui, pouvez-vous nous décrire lesquelles ?